有機肥可提高土壤有機質含量，改良土壤理化性質。能夠增加土壤的通氣性、透水性、蓄水性，改善根系生長環境，增強土壤的保水保肥能力。有機肥為土壤提供了大量有機養分和活性物質，如氨基酸、DNA、RNA、胡敏酸、糖類以及核酸的降解產物是化學肥料無法提供的，這些物質均可供作物直接吸收，并刺激根系生長。
其中有機肥含有大量微生物，能加速土壤中有機態養分的分解和循環。大量施用化學肥料或養分配比不當均會導致農產品品質下降，如果有機肥和化肥配合施用，可提高作物的蛋白質、氨基酸的含量，同時也使蔬菜當中的硝酸鹽含量下降，維生素C含量上升。
植物體內氨基酸含量的增加，有助于植物的抗旱，從而增強植物抗逆性和抗病蟲害的能力。為此，農民在購買有機肥應注意以下三個方面:
一是 看原料要了解產品所用原料是否優質。目前有機肥廠家所用比較好的有機原料為豆粕、芝麻粕、糖渣、木薯渣、菌體蛋白、氨基酸、腐殖酸、煙末等，有的還加入骨粉、貝殼粉等鈣質原料。
二是看微生物菌種配比是否科學優良菌種的酶系全面，酶活性較高，其分泌的纖維素酶、木聚糖酶、聚半乳糖醛酸酶、聚半乳糖裂解酶等的酶活性都可達到工業用菌株要求，耐受力強。通過優良微生物菌劑的添加，可大大縮短腐熟周期，提高腐熟效果。
三是選擇當地信譽較好的有機肥生產企業。好產品腐熟度高，肥效持久；腐熟度不夠很容易造成作物燒苗。我市較好的企業有巴彥淖爾市德源肥業有限公司和五原縣潤澤生物有機肥有限責任公司。
